Proprio come il genere manga cui appartiene, Homunculus si rivolge prettamente a un pubblico adulto e maturo. Rispetto ad altri manga dello stesso autore, dove questo era legato all'elemento di violenza presente, il motivo è insito nei temi trattati: l'attenzione è orientata in maniera preminente sull'introspezione, sull'analisi dell'individuo e della società in cui vive. Insomma, a venir fuori nel corso della storia narrata sono gli aspetti psicologici.

Ma di che cosa parla nello specifico questo manga? La trama mostra fin dall'inizio i tratti un po' noir con cui si avrà a che fare lungo l'intero sviluppo del racconto. Susumu Nakoshi, il nostro protagonista, è un senzatetto che vive in un parco nelle immediate vicinanze di un lussuoso hotel di Tokyo. Veste in modo curato nonostante le sue condizioni, è misterioso e cinico e mostra un atteggiamento distaccato nei confronti di tutti. La sola cosa cui è legato, in modo particolarmente morboso, è la sua utilitaria; la utilizza sia come rifugio sia per scorrazzare tra le strade trafficate della città. Sarà proprio quando il veicolo gli verrà sequestrato dalla polizia, che Susumu incontrerà una persona che gli cambierà la vita: Manabu Ito. Eccentrico studente di medicina, propone a Susumu di fare da cavia per un esperimento e quest'ultimo, pur di poter riscattare l'oggetto a lui più caro, accetta in virtù dell'allettante compenso.

L'operazione è estremamente delicata e rischiosa: trapanare il cranio per praticarvi un foro sulla fronte che possa risvegliare il sesto senso dell'individuo permettendogli di percepire presenze soprannaturali. L'intervento inizialmente disattende le aspettative; tuttavia Susumu scopre ben presto che, osservando il mondo attraverso il solo occhio sinistro, l'aspetto delle persone gli appare diverso, mutato. Analizzando il fenomeno si comprende che la visione distorta di Susumu altro non è che la manifestazione fisica dell'inconscio, in sostanza la proiezioni di sensi di colpa, inadeguatezze e qualsiasi altro risvolto psicologico che condiziona una persona e il suo modo di essere. Si tratta di ciò che nel manga viene definito "homunculus".

Questa facoltà acquisita porterà il protagonista a riprendere i contatti con la gente, scoprendo una verità che lo destabilizzerà ma che al contempo lo porterà verso una maggiore conoscenza di sé: ciò che è in grado di vedere rappresenta un riflesso del suo "io" interiore.

La storia narrata nel manga è decisamente originale e molto intensa, questo anche per la totale mancanza di intermezzi comici o di sequenze di azione che possano in qualche modo allentarne la tensione. L'intera opera procede grazie a dialoghi e riflessioni che portano lo stesso lettore a ragionare su situazioni forti e potenzialmente disturbanti. Se si supera questo scoglio, però, l’elevata qualità del manga per quanto concerne sia i contenuti sia gli spunti che offre ripaga decisamente l’impegno profuso nella lettura.

E sugli spunti ci sarebbe davvero molto da dire. Basta pensare, ad esempio, alla visione inaspettata che il protagonista offre di sé: quella di una persona che, nonostante la situazione in cui versa, è veramente libera. Non abbiamo quindi davanti un uomo sconfitto, bensì un individuo che ha deciso autonomamente di cominciare da zero un'esistenza nuova. Anche la perdita del veicolo rappresenta un particolare spunto di riflessione. Nel manga questo fatto è raccontato come un espediente traumatico ma necessario, una sorta di passaggio obbligato per iniziare ad agire diversamente e a vivere. A vivere, in particolare, un'esistenza ricca di tappe di crescita che diventeranno il vero motore della storia: un racconto che accompagna il lettore lungo questo lastricato ma fondamentale percorso intrapreso dal protagonista per affrontare i suoi demoni interiori, come le bugie, le apparenze e la bruttezza, e arrivare finalmente a conoscere il vero se stesso.