Senku e Taiju sono grandi amici: il primo è un appassionato studioso, il secondo è un adolescente innamorato perdutamente di una amica d'infanzia, Yuzuriha. Il giorno che Taiju deciderà di confessare il proprio amore alla ragazza capiterà una cosa sconvolgente per l'intera umanità. Il processo di pietrificazione, che in realtà aveva già colpito i volatili,  trasforma tutti in pietra. I protagonisti vivranno in un sonno profondo che durerà 3700 anni fino a quando, inspiegabilmente, Taiju si sveglierà dentro una caverna.

Sconvolto, si accorge che tutto è cambiato, una fitta giungla riveste ogni cosa e nel mezzo della vegetazione riconosce la statua della sua amata Yuzuriha. Colto dalla disperazione, un messaggio inciso sul tronco di un albero lo farà sospirare di sollievo. Il suo amico Senku si è svegliato sei mesi prima di lui e grazie alla sua conoscenza sta cercando le motivazioni per le quali sono riusciti a risvegliarsi.

Insieme, gli amici cercano la combinazione vincente per disintegrare la pietra dell’amica e dell’umanità intera. Saranno però fronteggiati da Tsukasa Shishio, che si oppone ai loro piani: secondo lui infatti dovranno essere liberati solamente i cuori puri, altrimenti l'umanità soccomberà di nuovo. Inizia così il contrasto che vede schierati Senku e Taiju, i quali sostengono che la cosa giusta è risvegliare tutti, contro la visione molto più selettiva di Tsukasa.

Un manga shonen che non prevede lotte estreme né battaglie corpo a corpo. Le armi che i protagonisti usano sono astuzia, conoscenza e determinazione. Qua e là lungo la storia, perle di saggezza e di cultura scientifica e pratica rendono questo manga un divertente modo per apprendere i segreti della chimica, della natura e dell'origine delle cose.